Biotecnología y Genómica de plantas amenazadas y en peligro de extinción de El Salvador

Autores/as

  • Huilhuinic Angel Orantes- Ramos Universidad Dr. José Matías Delgado
  • Lucía Sánchez-Trejo Universidad Dr. José Matías Delgado
  • Jennifer Noemy Ramírez-Rivas Universidad Dr. José Matías Delgado

Palabras clave:

bases de datos, especies vegetales, categorías de conservación, bioinformática

Resumen

Las biotecnologías modernas han permitido mejorar los rendimientos productivos de especies de alto interés agrícola. Pero las biotecnologías basadas en biología molecular también pueden incorporarse en estrategias de conservación de especies amenazadas y en peligro de extinción. Esta es la primera recopilación sistemática de información genómica disponible en las principales bases de datos de libre acceso, para especies vegetales amenazadas y en peligro de extinción de El Salvador. La información genómica y biotecnológica presentada en bases de datos de libre acceso, se agrupa en siete categorías. La categoría más común es la presencia de códigos de barra genética; más del 20% no cuenta con ningún tipo de información (36 especies amenazadas o 22,22% y 40 especies en peligro de extinción, 25,8%). Además, la información más escasa son los genomas completos, donde sólo está secuenciado para Vanilla planifolia, Tabebuia impetiginosa y Utricularia gibba. Estos resultados reflejan la poca información genómica y biotecnológica disponible para la biodiversidad vegetal vulnerable del país.

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Citas

AL-QURAINY, F., KHAN, S., NADEEM, M., TARROUM, M. and AL-AMERI, A. 2014. Selection of DNA barcoding loci and phylogenetic study of a medicinal and endemic plant, Plectranthus asi-rensis J. R. I. Wood from Saudi Arabia. En: Genetics and Molecular Research. [En línea]. 13(3), pp. 6184–6190. [Consultado el: 15 de junio de 2022]. Disponible en: DOI 10.4238/2014.august.7.31

AL-QURAINY, F., KHAN, S., TARROUM, M., AL-HEMAID, F.M. and ALI, M.A. 2011. Molecular authentication of the medicinal herb Ruta graveolens (Rutaceae) and an adulterant using nuclear and chloroplast DNA markers. En: Genetics and Mo-lecular Research. [En línea]. 10(4), pp. 2806–2816. Consultado el: 15 de junio de 2022]. Disponible en: DOI 10.4238/2011.november.10.3.

BENSON, Dennis A., CAVANAUGH, Mark, CLARK, Karen, KARSCH-MIZRACHI, Ilene, LI-PMAN, David J., OSTELL, James y SAYERS, Eric W. 2012.GenBank. En: Nucleic Acids Research. [En línea]. 41(D1), D36–D42. [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: DOI 10.1093/nar/gks1195. BREED, Martin F., HARRISON, Peter A., BLYTH, Colette, BYRNE, Margaret, GAGET, Vir-ginie, GELLIE, Nicholas J., GROOM, Scott V., HODGSON, Riley, MILLS, Jacob G., PROWSE, Thomas A., STEANE, Dorothy A., y MOHR, Jak-ki J. 2019. The potential of genomics for restoring ecosystems and Biodiversity. En: Nature Reviews Ge-netics. [En línea]. 20(10), pp. 615–628. [Consulta-do: julio de 2023]. Disponible en: DOI 10.1038/s41576-019-0152-0

BENSON, E. E. 1999. An introduction to plant conservation biotechnology. En: Plant Con-servation Biotechnology.[En línea] pp. 29–36 CRC Press [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: DOI 10.1201/9781482273038-8. BUDDHACHAT, Kittisak; OSA-THANUNKUL, Maslin; MADESIS, Panagiotis; CHOMDEJ, Siriwadee y ONGCHAI, Siriwan. 2015. Authenticity analyses of Phyllanthus amarususing barcoding coupled with HRM analysis to con-trol its quality for medicinal plant product. En: Gene. [En línea]. 573(1), pp. 84–90. [Consultado: julio de 2023]. ISSN: 1879-0038 (Electronic) Disponible en: DOI 10.1016/j.gene.2015.07.046

CBOL Plant Working Group, HO-LLINGSWORTH, Peter M., FORREST, Laura L., SPOUGE, John L., HAJIBABAEI, Mehrdad, RATNASINGHAM, Sujeevan, VAN DER BANK, Michelle, CHASE, Mark W., COWAN, Robyn S., ERICKSON, David L., FAZEKAS, Aron J., GRA-HAM, Sean W., JAMES, Karen E., KIM, Ki-Joong, KRESS, W. John, SCHNEIDER, Harald, VAN ALPHENSTAHL, Jonathan, BARRETT, Spencer C.H., VAN DEN BERG, Cassio, BOGARIN, Die-go, BURGESS, Kevin S., CAMERON, Kenneth M., CARINE, Mark, CHACÓN, Juliana, CLARK, Alexandra, CLARKSON, James J., CONRAD, Fe-rozah, DEVEY, Dion S., FORD, Caroline S., HE-DDERSON, Terry A.J., HOLLINGSWORTH, Mi-chelle L., HUSBAND, Brian C., KELLY, Laura J., KESANAKURTI, Prasad R., KIM, Jung Sung, KIM, Young-Dong, LAHAYE, Renaud, LEE, Hae-Lim, LONG, David G., MADRIÑÁN, Santiago, MAU-RIN, Olivier, MEUSNIER, Isabelle, NEWMAS-TER, Steven G., PARK, Chong-Wook, PERCY, Diana M., PETERSEN, Gitte, RICHARDSON, James E., SALAZAR, Gerardo A., SAVOLAINEN, Vincent, SEBERG, Ole, WILKINSON, Michael J., YI, Dong-Keun y LITTLE, Damon P. 2009. A DNA barcode for Land Plants. En: Proceedings of the National Academy of Sciences. [En línea]. 106(31), pp. 12794–12797 [Consultado: julio de 2023]. ISSN: 1091-6490 (Electronic). Disponible en: DOI 10.1073/pnas.0905845106.

CRUZ PINEDA, Eduardo. 2003. Cultivo de la anona: Guía Técnica [En línea] El Salvador: Centro nacional de tecnología agropecuaria y forestal (CEN-TA) [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: ht-tps://www.centa.gob.sv/download/guia-tecnica-cul-tivo-de-anona/CHEN, Shilin; YAO, Hui; HAN, Jianping; LIU, Chang; SONG, Jingyuan; SHI, Linchun; ZHU, Yingjie; MA, Xinye; GAO, Ting; PANG, Xiaohui; LUO, Kun; LI, Ying; LI, Xiwen; JIA, Xiao-cheng; LIN, Yulin and LEON, Christine. 2010. Va-lidation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species. En: PLoS ONE. [En línea]. 5(1) [Consultado: julio de 2023]. eISSN: 1932-6203. Disponible en: DOI 10.1371/journal.pone.0008613.

CONGER, BOB V. 2017. Cloning agricultural plants via in vitro techniques. CRC Press. eBook ISBN9781351070706 FENG, Shangguo; JIANG, Mengying; SHI, Yujun; JIAO, Kaili; SHEN, Chenjia: LU, Jiangjie: YING, Qicai y WANG, Huizhong. 2016. Applica-tion of the ribosomal DNA its2 region of Physalis(Solanaceae): DNA barcoding and phylogenetic study. En: Frontiers in Plant Science. [En línea].7(1047), pp. 1-11. [Consultado: julio de 2023]. Dis-ponible en: DOI 10.3389/fpls.2016.01047.

DENG, Jiabin; LIU, Jia: AHMAD, Khawaja Shafique; DING, Chunbang; ZHANG, Li; ZHOU, Yonghong y YANG, Ruiwu. 2015. Relationships evaluation on six herbal species (Curcuma) by DNA barcoding. En: Pakistan Journal of Botany. [En línea]. 47(3), pp. 1103–1109. [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: https://www.researchgate.net/publi-cation/282265611_Relationships_evaluation_on_six_herbal_species_Curcuma_by_dna_barcoding

FIŠER PEČNIKAR, Živa y BUZAN, Elena V. 2013. 20 years since the introduction of DNA barcoding: From theory to application. En: Journal of Applied Genetics. [En línea]. 55(1), pp. 43–52 [Consultado: julio de 2023]. ISSN: 2190-3883 (Electronic). Disponi-ble en: DOI 10.1007/s13353-013-0180-y.

GUPTA, Varsha; SENGUPTA, Manjistha; PRAKASH, Jaya y TRIPATHY, Baishnab Charan. 2016. An introduction to biotechnology. En: Basic and Applied Aspects of Biotechnology. [En línea]. pp. 1–21. [Consultado: julio de 2023]. eISSN: 978-981-10-0875-7. Disponible en: DOI 10.1007/978-981-10-0875-7_1.

HAMMER, Ø., HARPER, D. and PAUL, D. 2001. Past: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis. En: Pa-laeontologia Electronica. [En línea]. 4(1), pp. 1-9 [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: http://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm.

HE, Yang; WAN, Feng; XIONG, Liang: LI, Dong-Mei y PENG, Cheng. 2014. Identification of two chemotypes of Pogostemon Cablin (Blanco) Benth. through DNA barcodes. En: Zeitschrift für Naturforschung C. [En línea]. 69(5-6), pp. 253-258. [Consultado: julio de 2023]. eISSN: 1865-7125. Disponible en: DOI 10.5560/znc.2013-0180.

HEBERT, Paul D., CYWINSKA, Alina, BALL, Shelley L. y DEWAARD, Jeremy R. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. En: Proceedings of the Royal Society of London. [En línea]. 270(1512), pp. 313–321 [Consultado: julio de 2023]. eISSN: 1471-2954. Disponible en: DOI 10.1098/rspb.2002.2218.

HOCQUETTE, J. F. 2005. Where are we in genomics? En: Journal of Physiology and Pharmacolo-gy. 56(3), pp. 37–70. ISSN: 0867-5910.

JACCARD, P. 1908. Nouvelles Recherches Sur La Distribution Florale. Bulletin de la Société Vaudoise Des Sciences Naturelles [En Linea].44, pp. 223–270. [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: https://www.e-periodica.ch/digbib/view?pi-d=bsv-002:1908:44::485#248

JAMES, C. 2004. Global status of commercialized biotech/GM crops: 2004.ISAAA briefs. [En Línea] (32), ISAAA: Ithaca, NY. [Consultado: julio de 2023]. ISBN: 1-892456-36-2. Disponible en: https://www.isaaa.org/resources/publications/brie-fs/32/download/isaaa-brief-32-2004.pdf

KORDROSTAMI, M. y RAHIMI, M. 15 de septiembre 2015. Molecular Markers in Plants: Concepts and Applications. En: Genetics in the Third Millennium. [En Linea]. 13, pp. 4024–4031. [Con-sultado: julio de 2023]. Disponible en: https://www.researchgate.net/publication/282954774_Molecu-lar_markers_in_plants_Concepts_and_applications

MADESIS, P., GANOPOULOS, I., RALLI, P. y TSAFTARIS, A. 2012. Barcoding the major Medi-terranean leguminous crops by combining universal chloroplast and nuclear DNA sequence targets. En: Genetics and Molecular Research. [En línea]. 11(3), pp. 2548–2558. [Consultado: julio de 2023]. ISSN: e1676-5680. Disponible en: DOI 10.4238/2012.july.10.10.

MAO, Yun-Rui; ZHANG, Yong-Hua; NAKA-MURA, Koh: GUAN, Bi-Cai y QIU, Ying-Xiong. 2014. Developing DNA barcodes for species iden-tification in Podophylloideae (Berberidaceae). En: Journal of Systematics and Evolution. 2014. [En línea]. 52(4), pp. 487–499. [Consultado: julio de 2023]. eISSN:1759-6831. Disponible en: DOI 10.1111/jse.12076.

MINISTERIO DE MEDIO AMBIENTE Y RECURSOS NATURALES (MARN). 2003. Estra-tegia Nacional de Biodiversidad. [En línea] [Consulta-do: julio de 2023]. Disponible en: http://rcc.marn.gob.sv/handle/123456789/47

MINISTERIO DE MEDIO AMBIENTE Y RECURSOS NATURALES [MARN]. 2015. Listado Oficial de Especies de Vida Silvestre Amenazadas o en Peligro de Extinción. [En línea] [Consultado: ju-lio de 2023]. Disponible en: https://cidoc.ambiente.gob.sv/documentos/listado-oficial-de-especies-de-vi-da-silvestre-amenazadas-o-en-peligro-de-extincion/

MISHRA, Priyanka; KUMAR, Amit; NAGIRE-DDY, Akshitha; MANI, Daya N; SHUKLA, As-hutosh K; TIWARI, Rakesh y SUNDARESAN, Velusamy. 2015. DNA barcoding: An efficient tool to overcome authentication challenges in the her-bal market. En: Plant Biotechnology Journal. [En lí-nea]. 14(1), pp. 8–21 [Consultado: julio de 2023]. ISSN:1467-7652. Disponible en: DOI 10.1111/pbi.12419.

MYERS, Norman., MITTERMEIER, Russell A., MITTERMEIER, Cristina G., DA FONSECA, Gustavo A., y KENT, Jennifer. 2000. Biodiver-sity Hotspots for Conservation Priorities. En: Nature [En línea]. 403(6772), pp. 853–858. [Consultado: julio de 2023]. ISSN 1476-4687. Disponible en: DOI 10.1038/35002501.

NOREÑA P., Alejandra., GONZÁLEZ MUÑOZ, Andrea, MOSQUERA-RENDÓN, Jeanneth, BOTERO, Kelly y CRISTANCHO, Marco A. 2018. Colombia, an unknown genetic diversity in the era of Big Data. En: BMC Genomics. [En línea]. 19(S8), p. 859. [Consultado: julio de 2023]. ISSN: 1471-2164. Disponible en: DOI 10.1186/s12864-018-5194-8.

QUAN, Xu and ZHOU, Shi-Liang. Molecular iden-tification of species in Prunus sect. Pérsica (rosaceae), with emphasis on evaluation of candidate barcodes for plants. Journal of Systematics and Evolution. 2011. [En línea]. 49(2), pp. 138–145. [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: DOI 10.1111/j.1759-6831.2010.00112.x.

RAN, Jin-Hua, WANG, Pei-Pei, ZHAO, Hui-Juan y WANG, Xiao-Quan. 2010. A test of seven candidate barcode regions from the plastome in Picea(Pinaceae). En: Journal of Integrative Plant Biology. [En línea]. 52(12), pp. 1109–1126. [Consultado: julio de 2023]. Online ISSN:1744-7909. Disponible en: DOI 10.1111/j.1744-7909.2010.00995.x.

RATNASINGHAM, Sujeevan y HEBERT, Paul D. 2007. Bold: The Barcode of Life Data System (http://www.barcodinglife.org). En: Molecular Ecolo-gy Notes [En línea].7(3), pp. 355–364. [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: DOI 10.1111/j.1471-8286.2007.01678.x.

SEEJA, G., y SREEKUMAR, S. 2020. A review on cybrids: An Approach for Plant Improve-ment. En: Crop Research. [En línea] 55(1 & 2), pp. 48-56 [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: DOI 10.31830/2454-1761.2020.011.

SINGH, J. S. 25 de marzo 2002. The biodiversity crisis: A multifaceted review. En: Current Science. [En línea] 82(6), pp. 638–647. [Consultado: julio de 2023]. ISSN 00113891. Disponible en: https://www.jstor.org/stable/24106689S

OKAL, R., y MICHENER, D. A 1958. Statical Method for Evaluating Systematic Relationships. En: The University of Kansas Science Bulletin. [En lí-nea] 28(22), pp. 1409–1438. [Consultado: julio de 2023]. Disponible en: https://ia800703.us.archive.org/5/items/cbarchive_33927_astatisticalmethodfoevaluatin1902/astatisticalmethodforevaluatin1902.pdf

SUESATPANIT, Tanakorn, OSA-THANUNKUL, Kitisak, MADESIS, Panagiotis y OSATHANUNKUL, Maslin. 2017. Should DNA sequence be incorporated with other taxonomical data for routine identifying of plant species? En: BMC Complementary and Alternative Medicine. [En línea]. 17(437) [Consultado: julio de 2023]. ISSN: 2662-7671. Disponible en: DOI 10.1186/s12906-017-1937-3.

SUN, Zhiying, GAO, Ting, YAO, Hui, SHI, Linchun, ZHU, Yingjie and CHEN, Shilin. 2010. Identification of Lonicera japónica and its related spe-cies using the DNA barcoding method. En: Planta Medica. [En línea]. 77(03), pp. 301–306. [Consulta-do: julio de 2023]. Disponible en: DOI 10.1055/s-0030-1250324.

GBIF. The Global Biodiversity Information Fa-cility (GBIF). [Herramienta en línea] [Consultado: julio del 2023]. Disponible en: https://www.gbif.org/es/UMDALE, GAIKWAD, NikhilB, SurajD, KS-HIRSAGAR, ParthrajR and LEKHAK, ManojM. 2017. Molecular authentication of the traditional medicinal plant “Lakshman Booti” (Smithia Con-ferta SM.) and its adulterants through DNA bar-coding. En: Pharmacognosy Magazine. [En línea]. 13(suppl 2), pp. S224–S229 [Consultado el: 24 de julio del 2023]. Disponible en: DOI 10.4103/pm.pm_499_16.

UN ENVIRONMENT. 2019. Terminal Evaluation of Project: “Contributing to the Safe Use of Bio-technology in El Salvador. [En línea]. Evaluation Offi-ce of UN Environment [Consultado el: 24 de julio del 2023]. Disponible en: https://www.gefieo.org/sites/default/files/documents/projects/tes/3332-ter-minal-evaluation.pdfUSDA. 27 de noviembre del 2022. El Salvador: Agricultural Biotechnology Annual – El Salvador. [En línea] Attaché Report (GAIN) [Consultado el: 24 de julio del 2023]. Disponible en: https://fas.usda.gov/data/el-salvador-agricultural-biotechnolo-gy-annual-7

WIECZOREK, A. 2003. Use of biotechnology in agriculture— Benefits and risks. En: Biotechnology [En línea], BIO3, pp. 1-3 [En línea] [Consultado: 15 de junio del 2023]. Disponible en: https://www.ctahr.hawaii.edu/oc/freepubs/pdf/bio-3.pdfWILLIS, K.J. 2017. State of the World’s Plants Report. London (UK): Royal Botanic Gardens, Kew.YATES, Andrew D, ALLEN, James, AMODE, Ridwan M, AZOV, Andrey G, BARBA, Matthieu, BECERRA, Andrés, BHAI, Jyothish, CAMPBE-LL, Lahcen I, CARBAJO MARTINEZ, Manuel, CHAKIACHVILI, Marc, CHOUGULE, Kapeel, CHRISTENSEN, Mikkel, CONTRERAS-MO-REIRA, Bruno, CUZICK, Alayne, DA RIN FIO-RETTO, Luca, DAVIS, Paul, DE SILVA, Nisha-di H, DIAMANTAKIS, Stavros, DYER, Sarah, ELSER, Justin, FILIPPI, Carla V, GALL, Astrid, GRIGORIADIS, Dionysios, GUIJARRO-CLAR-KE, Cristina, GUPTA, Parul, HAMMOND-KO-SACK, Kim E, HOWE, Kevin L, JAISWAL, Pankaj, KAIKALA, Vinay, KUMAR, Vivek, KUMARI, Su-nita, LANGRIDGE, Nick, LE, Tuan, LUYPAERT, Manuel, MASLEN, Gareth L, MAUREL, Thomas, MOORE, Benjamin, MUFFATO, Matthieu, MUS-HTAQ, Aleena, NAAMATI, Guy, NAITHANI, Sus-hma, OLSON, Andrew, PARKER, Anne, PAULINI, Michael, PEDRO, Helder, PERRY, Emily, PREE-CE, Justin, QUINTON-TULLOCH, Mark, ROD-GERS, Faye, ROSELLO, Marc, RUFFIER, Magali, SEAGER, James, SITNIK, Vasily, SZPAK, Michal, TATE, John, TELLO-RUIZ, Marcela K, TREVA-NION, Stephen J, URBAN, Martin, WARE, Do-reen, WEI, Sharon, WILLIAMS, Gary, WINTER-BOTTOM, Andrea, ZAROWIECKI, Magdalena, FINN, Robert D and FLICEK, Paul. 2021. Ensem-bl genomes 2022: An expanding genome resource for non-vertebrates. En: Nucleic Acids Research. [En línea]. 50(D1) [Consultado el: 15 de junio de 2022]. Disponible en: DOI 10.1093/nar/gkab1007.

ZHANG, Wei, YUAN, Yuan, YANG, Shuo, HUANG, Jianjun and HUANG, Luqi. 2015. ITS2 secondary structure improves discrimination between medicinal “mu tong” species when using DNA barcoding. En: PLOS ONE. [En línea]. 10(7), e0131185 [Consultado: 15 de junio del 2023]. Disponible en: DOI 10.1371/journal.pone.0131185

ZHU, Xunzhi, ZHANG, Yuxi, LIU, Xia, HOU, Dianyun and GAO, Ting. 2015. Authenti-cation of commercial processed glehniae radix (bei-shashen) by DNA barcodes. En: Chinese Medicine. [En línea].10(1) [Consultado: 15 de junio del 2023]. Disponible en: DOI 10.1186/s13020-015-0071-8.

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Publicado

2023-12-01

Cómo citar

Orantes- Ramos, H. A., Sánchez-Trejo, L., & Ramírez-Rivas, J. N. (2023). Biotecnología y Genómica de plantas amenazadas y en peligro de extinción de El Salvador. Izote Journal, 2(1), 72–88. Recuperado a partir de https://investigacion.ujmd.edu.sv/index.php/investigacionesujmd/article/view/35

Número

Sección

Artículos